É no panorama da segunda metade do século XIX, tendo São Paulo como o maior produtor de café do país de maior produção mundial do produto, que começam a surgir as grandes fazendas de café do interior do Estado, o grande esteio da economia do Brasil nos anos de 1870 a 1930.
A Fazenda Santa Gertrudes, com mais de um século de existência (1854 – 1998), ao contrário de muitas fazendas cafeeiras que tiveram um curto período de vida (mais ou menos 50 anos, devido a vários fatores, dentre eles a exaustão das terras), venceu todas as crises e mudanças sociais e econômicas advindas durante todo esse período, fato que pode ser relacionado à boa administração empregada pelos seus proprietários durante o tempo.
A Fazenda Santa Gertrudes originou-se de uma sesmaria, a do Morro Azul, era semelhante a outras importantes fazendas de cana e café, como a Fazenda Ibicaba, de propriedade do senador José Vergueiro, que foi o primeiro fazendeiro paulista a tentar implantar o trabalho assalariado de imigrantes em São Paulo na década de 1860. A Fazenda Santa Gertrudes, como outras fazendas da região, teve sua origem como engenho de açúcar, sendo gradativamente substituída pelo plantio de café até a década de 1860, quando sua produção superou a da cana.
De 1854 a 1873 o proprietário da fazenda foi o Sr. Amador de Lacerda Rodrigues Jordão, o Barão de São João de Rio Claro, homem de muitos bens e capital, e de família tradicional agrícola no interior de São Paulo. Com a morte do Barão em 1873, a fazenda é herdada a sua esposa que se casa em 1876 com o Marquês de Três Rios, que passa a gerir a fazenda até o ano de 1893.
O Marquês, pessoa muito influente e rica na sua época, consegue reunir esforços e capital para influenciar a passagem dos trilhos da Companhia Paulista de Estradas de Ferro nos arredores da fazenda, quando da chegada da ferrovia à cidade de Rio Claro em 1876 – coisa muito comum na construção das ferrovias que serviam as zonas cafeeiras. Antes da ferrovia, toda a produção de café era feita em lombos de muares (burro, jumentos e mulas) até o porto de Santos (cerca de 180 km de distância). Cada animal carregava de 120 a 150 quilos de café e só se conseguia fazer 6 viagens por safra (safra anual) com cada animal até o porto. O transporte era difícil, em péssimas estradas onde não se circulavam veículos com rodas. Segundo os cálculos de alguns historiadores, em 1860, quando a cidade de Rio Claro produziu 2.600 toneladas de café, havia na cidade cerca de 6.000 mulas para o transporte até o porto de Santos, em uma viagem que durava de 7 a 10 dias.
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Neste sentido, pode-se imaginar a proporção do melhoramento que significaria a chegada da ferrovia nas fazendas do interior de São Paulo, pois a economia de exportação de Rio Claro e região, depois de mais de 50 anos de meios de transportes primitivos, saltava quase que diretamente para a era da ferrovia, onde o tempo de transporte reduziu-se de 7 a 10 dias em lombos de muares, para apenas 1 dia nos vagões dos trens, significando uma economia de tempo e dinheiro.
Com a chegada da ferrovia, as cidades e as fazendas ganharam em desenvolvimento, e a Fazenda Santa Gertrudes em 1893 já possuía uma área de 700 alqueires (ou 17.150.000 metros quadrados), produzindo 450 toneladas de café, aumentando em 5 vezes a sua produção que, em 1861, antes da ferrovia (que chegou em 1876) era de apenas 90 toneladas, tornando-se a maior fazenda de Rio Claro.
Com a morte do Marquês de Três Rios em 1893, a fazenda foi herdada por Eduardo Prates, grande capitalista e homem de negócios, possuindo casas bancárias, imóveis, era acionista e diretor da Companhia Paulista, etc. Sendo então um ótimo administrador, Eduardo Prates transformou a Fazenda Santa Gertrudes em uma propriedade rural modelo, ampliando ainda mais sua área (que chegou a ter 1 milhão de pés de café, com 866 alqueires (ou 2,095 hectares = 20.957.750 metros quadrados), em 1885, introduziu melhoramentos, como a luz elétrica, na década de 1900; e inovações e benefícios que a mais moderna técnica da época oferecia, a propriedade possuía ainda 85 casas para os colonos (imigrantes).
Neste período, a fazenda passou a constar no calendário de visitas das personalidades mais importantes da época, tanto nacionais como de estrangeiros, assim, vir a São Paulo e não visitar uma fazenda cafeeira era o mesmo que ir a Roma e não ver o papa, segundo dizeres dos visitantes da época.
A importância da Fazenda Santa Gertrudes não reside apenas no fato de dela ter sido uma propriedade modelo na cafeicultura paulista, digna de ser vista por ilustres personalidades. A Fazenda Santa Gertrudes foi a mais importante propriedade cafeeira do município de Rio Claro (quando o café era o maior produto da economia brasileira e o Brasil o maior produtor mundial de café, sendo São Paulo o Estado de maior produção do país, e Rio Claro era o quarto maior produtor de São Paulo em 1897), no então chamado Oeste Paulista. A propriedade modelo era um exemplo da complexa empresa capitalista cafeeira.